Anime Shikimori’s Not Just a Cutie dimulai dengan pengenalan Izumi Yuu, seorang siswa SMA yang dikenal sangat sial sejak kecil. Kesialannya sering membuat ia berada dalam situasi berbahaya atau memalukan. Di tengah kehidupan sekolahnya, Izumi berpacaran dengan Shikimori Micchon, gadis cantik yang terlihat imut dan lembut, tetapi memiliki sisi lain yang sangat keren, tegas, dan protektif. Sejak awal cerita, penonton diperlihatkan bagaimana Shikimori selalu melindungi Izumi dari kesialannya, sekaligus menunjukkan kontras menarik antara sisi imut dan sisi “cool”-nya.
Seiring berjalannya cerita, anime ini menampilkan kehidupan sehari-hari mereka sebagai pasangan SMA, mulai dari kegiatan di sekolah, olahraga, jalan-jalan bersama, hingga interaksi dengan teman-teman dekat seperti Inuzuka, Nekozaki, Hachimitsu, dan Kamiya. Hubungan Izumi dan Shikimori berkembang secara perlahan dan alami, dengan fokus pada kepercayaan, perhatian, dan rasa saling mendukung. Tidak ada konflik besar, tetapi lebih pada tantangan kecil yang memperkuat hubungan mereka, termasuk masa lalu Izumi yang membuatnya sering merasa tidak percaya diri dan keinginan Shikimori untuk selalu melindunginya.
Menjelang akhir anime, cerita menekankan pertumbuhan karakter keduanya. Izumi mulai belajar menerima kesialannya dan menjadi lebih berani, sementara Shikimori menyadari bahwa ia juga bisa bergantung pada Izumi, bukan hanya selalu menjadi pelindung. Anime ditutup dengan suasana hangat dan manis, memperlihatkan hubungan mereka yang semakin kuat dan stabil, serta kehidupan remaja yang penuh kebersamaan. Secara keseluruhan, Shikimori’s Not Just a Cutie adalah anime romansa slice of life yang mengalir tenang dari awal hingga akhir, menonjolkan keseharian, cinta sederhana, dan hubungan yang sehat tanpa drama berlebihan.